Fernando Flora nasceu em Poços de Caldas (MG), em 30/01/1946, filho de Rowilson Flora e de Apparecida Mourão Flora.

Fez o curso médio com os Maristas em Poços de Caldas e em São Paulo (Colégio Arquidiocesano).

Graduou-se médico, em 1969, pela Faculdade de Ciências Médicas de São Paulo.

Obteve uma bolsa do governo francês em 1973. Fez mestrado no Instituto de Estudos do Desenvolvimento Econômico e Social da Universidade de Paris-I. Defendeu tese, em 1976, sobre a patologia mental de imigrantes portugueses e espanhóis na região parisiense.

Tornou-se ensaísta em 1985. Publicou entre outros ensaios (em ordem decrescente): 

A sociedade como cavalgadura do Estado;

O Brasil dos fora-da-lei;

Barbárie tropical;

O populismo: o corrosivo da democracia;

Brasil no divã;

Os militares no divã: 1889-1985;

Extrema-Direita, volver;

O sujeito oculto do lulopetismo e dos movimentos sociais;

Lula e o PT: da esperança ao arroz-com-feijão.